Kypr má za sebou dlouhou a pohnutou historii. Počátky osídlení sahají do doby kamenné cca. 10 000 – 3 300 př. n.l. . Z této doby jsou doloženy nejstarší studně na světě. Rovněž nejstarší pohřeb kočky spolu s člověkem. V této době zde už vznikalo první zemědělství. Současně na ostrově ještě žili trpasličí sloni a hroši.

V době bronzové cca. 3 330 – 1 200 př. nl.l jsou na ostrově budována první města obdélníkového půdorysu. Důležitým odvětvím se stává těžba mědi, podle které dostal Kypr i svůj název (cuprum). Vznikají zde Mikénské a Egyptské obchodní kolonie. Vzniká kyperská abeceda. Kypr se stává významným obchodním centrem blízkého východu, ostrov kontrolují střídavě Egypt a Hititi. Egypt započal také velké kácení lesů na stavbu svých lodí. Kypr je postupně osídlován Achajskými, Dórskými a Mikénskými řeky.

V době železné cca. 1200 – 500 př.n.l. je datováno mytické založení Salamis a Paphosu bratry Aiasem a Agaperonem, kteří se vrátili z Trojské války (1250 př.n.l.). V 8 století př.n.l. jsou zakládány Fénické obchodní kolonie v okolí dnešní Larnaky. Kypr je rozdělen do 13 městských království.

V následujících staleních je Kypr střídavě kontrolován Egypťny, Asyřany, Peršany a následně Ptolemaiovci. Vytváří si silné vazby s Aténami a Alexandrií – nejvýznamnějšími tehdejšími obchodními městy. Postupně dochází k plné helenizaci Kypru. V roce 58 př.n.l. připojil Marcus Cato Kypr k Římské republice.

Počátkem našeho letopočtu (přibližně do roku 65) dochází k postupné konverzi obyvatelstva na křesťanskou víru. Hlavní zásluhu na tom měl sv. Barnabáš (původem ze Salamis) a sv. Pavel. Ve 4. století postihlo ostrov několik ničivých zemětřesení, která zcela zdevastovala Salamis i další významná města, narušila obchod a ostrov postihl hladomor. Při rozdělení Římské říše na Západní a Východní zůstává Kypr v moci Východní  - Byzantské římské říše.

V roce 650 došlo k invazi arabů. Po letech bojů dosáhli v roce 688 Byzantský císař Justinián a chalif Abd Aris Lefkada-Malik dohody o sdílení vlády na Kypru. Dohoda vydržela po následujících 300 let, poté ostrov znovu plně přešel do moci Východořímské říše.

Koncem 12. století přešel ostrov do držení Anglického krále (proběhal zde také svatba Richarda řečeného Lví Srdce s Berengárií). Z finančních důvodů prodal Richard ostrov Templářům. Posléze došlo ale k ochlazení vztahů mezi anglickou korunou a Templáři a tak prodal ostrov znovu, tentokrát Guyovi de Lusignan (který byl v té době zároveň králem Jeruzaléma). V době vlády Lusignanů přichází na ostrov katolická církev, dochází k potlačování pravoslaví. Jako oficiální jazyky se prosazují latina a francouzština. Kypr se postupně stává centrem obchodu s Afrikou a Asií, profituje také z přílivu poutníků do Svaté země. Postupně roste vliv Janovanů (Famagusta). V letech 1359 – 1369 vládl ostrovu král Petr I..  Ten dvakrát dobyl a vyplenil Alexandrii. Při svých cestách se setkal k s císařem Karlem VI., kterému daroval úlomek z Kristova kříže (u nás je znám z filmu Noc na Karlštejně).

V roce 1426 se vojsko krále Januse ožralo tak, že prohrálo zásadní bitvu s Egyptskými Mameluky, kteří tak získali nadvládu nad Kyprem. V roce 1489 byl Kypr prodán Benátské republice, která začala budovat rozsáhlá opevnění proti Osmanům. Benátčané ostrov i obyvatelstvo silně zneužívali.

V roce 1571 byl ostrov dobyt Osmany, v jejichž moci zůstal dalších přibližně 250 let. Mezi lety 1821 – 1832 probíhala úspěšná osvobozenecká válka proti Osmanské říši. Započala popravou 486 řeckých Kypřanů v Nikosii, to však pouze posílilo odpor reprezentovaný hnutím Enosis (sjednocení). Po vzoru pevninského Řecka zde sílí nacionalistické tendence a také snaha kyperských Řeků o připojení ostrova k Řecku. Nacionalizmus tureckých Kypřanů na sebe pochopitelně nenechal dlouho čekat.

Osmanská říše byla oslabena Rusko-Osmanskou válkou, roku 1878 tak přebírá vládu nad Kyprem Britské impérium (protektorát). Začátkem 1. světové války si ostrov definitivně přisvojila Velká Británie. Poté co Osmanská říše I. Světovou válku prohrála, se Turecko zřeklo všech práv na Kypr. Ani Britové však na Kypru nebyli příliš vítáni.

V roce 1960 dala Velká Británie Kypru samostatnost (Britové si ponechali na ostrově dvě suverénní vojenské základny, které jsou zde dodnes). Vzniklá nezávislá Kyperská republika měla velmi složitý volební a vládní systém, který vycházel z poměrného počtu obyvatelstva. Presidentem měl být vždy kyperský Řek, vicepresidentem kyperský Turek. Zastoupení v parlamentu bylo 7 Řeků : 3 Turkům. Už v roce 1963 však dochází k prvním přestřelkám a násilnostem (důvodem byly zejména nacionalistické snahy obou stran). Řečtí Kypřané usilovali o připojení ostrova k Řecku, turečtí Kypřané na tom neměli zájem a naopak prosazovali vznik samostatného Kypersko-tureckého státu na Kypru. Obě skupiny se vymezovaly proti zbytku britského obyvatelstva. OSN následně vysílá mírové jednotky, které na Kypru působí dodnes. Neustálé spory vedli také k rozpadu řecko-turecké vlády, mezinárodním společenstvím byla nadále uznávána jako právoplatná pouze řecko-kyperská vláda. Mezi lety 1963 a 1974 proběhal celá řada neúspěšných jednání a vzájemných potyček.

V roce 1974 se kyperští Řekové pokusili o státní převrat, za pomoci řecké armády chtěli ostrov připojit k Řecku. To vyvolalo rychlou reakci Turecka, které mělo práno zasáhnout v podobném případě za účasti Británie. Protože ale Británie Turecku podporu neposkytla, je z hlediska mezinárodního práva turecký zásah považován za nelegální. V noci z 19.7.na 20.7.1974 se Turecká armáda vylodila na pobřeží u Kyrenie a zabrala cca. 36% ostrova. Následkem této Invaze bylo přes 200 000 Kypřanů přestěhováno. Okupované území bylo do té doby obydleno převážně Řeky, kteří ze dne na den museli opustit své majetky a odejít na jih. Turečtí obyvatelé jihu byly stejným způsobem odsunuti na sever. Půda a další majetek kyperských Řeků byl zabrán tureckou armádou.

V roce 1983 byl turecko-kyperskými politiky vyhlášen nový stát – Severokyperská turecká republika. Tento stát je uznáván pouze Tureckem. Vyhlášení samostatného státu bylo následováno rozsáhlými sankcemi, které významně omezili obchodní možnosti Severního Kypru a dále také například turistický ruch. Tyto sankce dodnes brzdí ekonomický rozvoj oblasti.

Roku 2003 byl otevřen první oficiální hraniční přechod mezi Severním a Jižním Kyprem a situace se postupně zlepšuje. V současné době brání sblížení obou částí země zejména vleklé majetkové spory (o majetky, které zůstali na druhé straně ostrova po násilném přesídlení). A dále pak nechuť k novým osadníkům, které do okupované severní zóny přemístilo Turecko ze svých chudých oblastí. Tito nový osadníci nemají nárok na Kyperské občanství a tím ani na pas vydávaný Kyperskou republikou (o který mohou požádat a také jej dostanou kyperští občané tureckého původu, kteří na ostrově žili před rokem 1974 – nebo jejich předci).

Současní obyvatelé Severního Kypru se poměrně silně vymezují proti označení Turek. Říkají, že sice mluví turecky, ale jsou Kypřané, mají zcela jinou kulturu, národní tradice, zvyky i náboženské cítění (dost rozvolněné). S Turky je prý pojí jen jazykové kořeny.